女性尿路感染主要是细菌等病原体入侵尿路引起的。大约80%的女性尿路感染是由大肠埃希菌导致的，致病菌通常从尿道逆行进入膀胱等尿路部位引发感染。
解剖结构因素
女性尿道短而直：女性的尿道长度一般在3-5厘米左右，相比男性尿道短很多，这使得细菌更容易从尿道外口进入尿道并上行至膀胱等部位。比如，女性尿道外口靠近阴道和肛门，阴道分泌物、粪便中的细菌很容易污染尿道外口，进而侵入尿道引发感染。尿道与阴道、肛门邻近：女性尿道外口毗邻阴道和肛门，阴道内的菌群以及肛门周围的细菌很容易传播到尿道。像有阴道炎的女性，阴道内的致病菌容易扩散到尿道，引发尿路感染；经常不注意肛门清洁，粪便中的细菌也可能污染尿道周围，增加感染风险。
生理周期因素
月经期：女性在月经期间，经血是细菌良好的培养基，会为细菌的生长繁殖提供便利条件。而且卫生巾更换不及时，会导致会阴部局部潮湿，更有利于细菌滋生，从而增加尿路感染的几率。一般来说，月经期间女性尿路感染的发生率会比非经期有所升高。妊娠期：怀孕时，增大的子宫会压迫输尿管，导致尿液排出不畅，尿液在输尿管和膀胱内潴留，容易滋生细菌。同时，孕期体内激素变化也会影响尿路的正常功能，使得女性在妊娠期尿路感染的风险明显增加，据统计，妊娠期女性尿路感染的发生率约为2%-7%。
性生活因素
性生活时的机械摩擦：性生活过程中，会对尿道产生机械性刺激和摩擦，可能会损伤尿道黏膜，使细菌更容易侵入。而且性生活还会将尿道口周围的细菌挤入膀胱，例如，有研究发现，性生活后女性尿路感染的发生率比不性生活时高出不少。性生活后的尿道清洁问题：性生活后如果没有及时进行尿道的清洁，细菌就容易在尿道繁殖。比如，性生活后应尽快排尿，通过尿液的冲刷可以减少尿道内的细菌数量，但如果没有及时排尿，细菌就有更多时间侵入尿道引发感染。