乳腺囊肿的患病原因目前尚不十分明确，一般认为可能与内分泌紊乱等因素有关。其中，内分泌激素失衡是较为重要的一个方面，比如女性体内的雌激素水平异常升高，可能会影响乳腺的正常结构和功能，从而增加乳腺囊肿的发病风险。
一、内分泌因素相关
激素水平波动： 女性的内分泌系统会随着月经周期等发生变化。在月经前期，体内雌激素水平相对升高，可能会刺激乳腺导管上皮增生，导致乳腺囊肿的形成风险增加。有研究发现，约有30% - 50%的乳腺囊肿患者存在不同程度的内分泌激素失衡情况。孕激素相对不足： 孕激素对乳腺组织有一定的保护和调节作用。当孕激素分泌相对不足时，无法有效对抗雌激素的过度刺激，乳腺组织就容易出现异常增生，进而引发乳腺囊肿。例如，一些长期处于精神压力较大状态的女性，可能会影响孕激素的正常分泌，增加患病几率。
二、乳腺结构异常方面
乳腺导管扩张： 乳腺导管如果发生扩张，就可能导致分泌物潴留，从而形成囊肿。正常情况下，乳腺导管会保持一定的通畅和稳定状态，但当各种原因导致导管扩张后，就容易出现内容物积聚。这种情况在一些乳腺结构本身存在轻微异常的女性中较为常见。腺叶或小叶退化不全： 乳腺的腺叶和小叶在生长发育过程中，如果退化不全，也可能引发乳腺囊肿。随着年龄的增长，乳腺组织会有一定的生理变化，但如果腺叶或小叶退化不彻底，就可能出现组织增生和潴留，进而形成囊肿。一般在30 - 50岁的女性中相对更易出现因乳腺结构异常导致的乳腺囊肿问题。
三、生活方式因素影响
长期精神压力大： 长期处于高压力状态下，会影响人体的内分泌调节系统。比如长期焦虑、抑郁等不良情绪，会通过神经内分泌途径影响激素的分泌，使得雌激素水平相对升高，增加乳腺囊肿的发病风险。据调查，长期精神压力大的女性患乳腺囊肿的概率比心态平和的女性高出约20%。饮食不规律： 长期摄入高油脂、高热量的食物，可能会影响内分泌平衡。例如过多食用油炸食品、甜食等，会导致体内脂肪堆积，影响激素代谢，进而对乳腺组织产生不良影响，增加乳腺囊肿的发生可能性。而且，长期饮酒也会对内分泌系统造成干扰，增加患病风险。