甲状腺功能减退主要是由于多种原因导致甲状腺激素合成、分泌或生物效应不足引起的。其中，自身免疫性疾病是常见原因之一，比如慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），约占所有甲状腺功能减退病因的90%左右。
自身免疫因素导致
自身免疫性甲状腺炎： 像慢性淋巴细胞性甲状腺炎，自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，使得甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的正常合成与分泌，从而引发甲状腺功能减退。这种情况在女性中的发病率相对较高。其他自身免疫病关联： 一些其他自身免疫性疾病也可能间接影响甲状腺功能，比如1型糖尿病患者，同时发生甲状腺功能减退的概率会比常人高。
甲状腺手术相关因素
甲状腺切除术后： 如果因为甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行了甲状腺大部分或全部切除手术，那么剩余的甲状腺组织分泌甲状腺激素的量可能不足以维持身体正常需求，就容易出现甲状腺功能减退。一般在术后几年内，甲状腺功能减退的发生率会逐渐增加。放射性碘治疗后： 用于治疗甲状腺功能亢进的放射性碘治疗，在破坏甲状腺细胞治疗甲亢的同时，也可能导致甲状腺细胞受损过多，后续出现甲状腺功能减退。通常在治疗后6 - 12个月左右可能逐渐显现甲状腺功能减退的症状。
药物及其他因素影响
药物影响： 某些药物也可能引发甲状腺功能减退，比如胺碘酮，长期服用胺碘酮的患者中约有15% - 20%会出现甲状腺功能减退，因为胺碘酮含碘量较高，会干扰甲状腺激素的代谢。碘缺乏地区： 在碘缺乏的地区，人体摄入碘不足，甲状腺激素合成原料缺乏，也容易导致甲状腺功能减退。比如一些山区、远离海洋的内陆地区，居民患甲状腺功能减退的比例相对较高。