胃窦炎和萎缩性胃炎在多个方面存在区别，主要包括以下这些：
一、部位：胃窦炎主要发生在胃窦部位，而萎缩性胃炎则是发生在胃黏膜处。
二、症状：
1.胃窦炎患者常见的症状有腹胀，可能伴有头晕、乏力，还会出现钝痛以及压痛等，此外，有些患者会有嗳气、食欲下降、腹泻等表现。
2.萎缩性胃炎患者会有上腹痛、腹胀、餐后饱胀感，可能出现乏力、焦虑等，部分患者还会有消化不良等症状。
三、药物治疗：
1.胃窦炎患者可服用抑制胃酸的药物，如雷尼替丁、法莫替丁等；还可使用胃黏膜保护剂，包括铝碳酸镁、磷酸铝等；同时也有促进胃动力、抗焦虑以及抗抑郁等药物。
2.萎缩性胃炎患者除了能使用上述药物外，还可服用消化酶制剂进行治疗。
四、手术治疗：
1.胃窦炎患者若药物治疗效果不佳，可采用胃镜下黏膜下剥离术，之后需视病情情况定期随访。
2.萎缩性胃炎患者则需要通过内镜下治疗或手术治疗来改善病情。
总之，胃窦炎和萎缩性胃炎在发病部位、症状表现、药物治疗及手术治疗等方面都有不同，应根据具体情况进行准确诊断和恰当治疗。