慢性结肠炎导致便秘的原因主要有以下几方面。首先，肠道黏膜受损影响蠕动功能，慢性结肠炎会使肠道黏膜处于炎症状态，正常的肠道蠕动节律被打乱，一般有研究发现约30% - 40%的慢性结肠炎患者存在不同程度的肠道蠕动减慢情况，进而引发便秘。
肠道吸收功能变化方面
肠道对水分吸收异常： 慢性结肠炎时，肠道的吸收功能会受到影响。正常情况下，肠道能适当吸收水分维持大便的正常性状，但在炎症作用下，肠道对水分的吸收变得紊乱。比如，结肠部位的炎症会干扰结肠对水分的重吸收过程，使得大便中的水分不能被正常回收，从而导致大便干结，引发便秘。营养吸收受限影响大便形成： 慢性结肠炎还会影响营养物质的吸收，当营养吸收不良时，也会间接导致便秘。因为身体缺乏必要的营养成分，会影响肠道正常的生理功能，使得大便的形成原料不足，进而出现便秘现象。
肠道菌群失衡因素
有益菌数量减少： 慢性结肠炎会破坏肠道内的菌群平衡，原本肠道内有大量有益菌，它们有助于维持肠道正常的消化和排便功能。而在炎症环境下，有益菌的数量会大幅减少，比如双歧杆菌等有益菌的数量可能会减少50%以上，这样就使得肠道的正常菌群屏障被打破，肠道的蠕动和排便功能受到影响，容易引发便秘。有害菌滋生改变肠道环境： 同时，有害菌会大量滋生，这些有害菌会产生一些有害物质，进一步刺激肠道黏膜，加重炎症反应，并且会改变肠道的酸碱度等环境，使得肠道内环境不利于大便的排出，从而促进便秘的发生。
炎症刺激神经反射方面
炎症刺激肠道神经： 慢性结肠炎的炎症会持续刺激肠道的神经末梢，干扰正常的神经反射。肠道的神经反射对于正常的排便过程起着重要作用，当神经受到炎症刺激后，会导致排便反射异常，使得大脑不能及时接收到正常的排便信号，或者肠道肌肉不能正常协调运动来完成排便动作，最终引发便秘。例如，炎症对直肠部位神经的刺激，会影响直肠的感觉功能，导致患者感觉不到便意或者便意不明显，进而引起便秘。