慢性结肠炎导致便秘的原因主要有以下几方面。首先，肠道黏膜受损影响蠕动功能，慢性结肠炎会使肠道黏膜出现炎症、溃疡等病变，大约有30% - 40%的慢性结肠炎患者会伴有不同程度的肠道蠕动减慢情况，肠道蠕动慢了，粪便在肠道内运行就会变缓，从而引发便秘。
肠道菌群失调方面
慢性结肠炎会破坏肠道内正常的菌群平衡，正常肠道菌群能帮助消化、促进肠道蠕动等。当菌群失调时，比如有益菌数量减少，像双歧杆菌等有益菌数量可能减少达50%以上，就会影响肠道的正常功能，导致食物残渣在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，进而引起便秘。
炎性物质影响神经传导
慢性结肠炎病灶处会产生一些炎性物质，这些炎性物质会干扰肠道神经的传导。肠道神经就像肠道蠕动的“指挥官”，当神经传导受影响时，大约有20% - 30%的患者会出现排便反射异常的情况，使得患者有便意却难以正常排出，长期如此就容易形成便秘。
饮食调节不佳加重便秘
很多慢性结肠炎患者在饮食上不注意，比如有的患者喜欢吃辛辣、油腻食物，这类食物大约占不良饮食的60%左右，会进一步刺激肠道炎症，同时还会影响肠道的消化吸收功能，导致大便干结，加重便秘症状。还有些患者摄入膳食纤维不足，每日膳食纤维摄入低于20克的话，就不能很好地刺激肠道蠕动，也容易引发便秘。