治结肠炎的药物选择需根据具体类型来定。一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的，像柳氮磺吡啶，对于轻中度的溃疡性结肠炎有较好疗效，不过可能会有恶心、呕吐等不良反应，且对磺胺过敏者禁用。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 适用于轻中度溃疡性结肠炎，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应。但部分人服用后可能出现恶心、呕吐等胃肠道不适，对磺胺类药物过敏者不能用。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，疗效与柳氮磺吡啶类似，不良反应相对较少，不过也可能引起胃部不适，对水杨酸制剂过敏者禁用。
糖皮质激素类
泼尼松： 对于重度结肠炎患者，可短期使用泼尼松来快速抗炎。不过长期使用可能会有向心性肥胖、骨质疏松等副作用，有高血压、糖尿病等基础疾病的人要谨慎使用。氢化可的松： 可通过静脉滴注等方式用于重度结肠炎急性发作期，使用时需密切监测血糖等指标，长期使用同样可能引发感染、电解质紊乱等问题。
免疫抑制剂类
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的结肠炎患者。用药期间要定期监测血常规、肝功能等，可能出现骨髓抑制、肝损害等不良反应，孕妇禁用。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也需监测血常规和肝功能，不良反应包括白细胞减少、肝损伤等，对嘌呤类药物过敏者禁用。