孕酮降低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮水平降低可能与黄体功能不全有关，比如有研究发现，约有30%-40%的先兆流产是因为黄体功能不足导致孕酮低引起的。
内分泌相关因素
垂体功能异常： 垂体前叶分泌的促性腺激素不足，会影响卵巢功能，进而导致孕酮合成减少。例如，席汉综合征患者，由于产后大出血引起垂体缺血坏死，垂体前叶功能减退，促性腺激素等分泌减少，孕酮水平就会降低。卵巢本身病变： 卵巢的颗粒细胞病变会影响孕酮的合成。像卵巢早衰的女性，卵巢功能逐渐衰退，卵泡发育不良，孕酮分泌量会明显减少。
胚胎因素
胚胎质量不佳： 如果胚胎本身存在染色体异常等问题，会影响胎盘的功能，导致孕酮分泌减少。据统计，约有50%-60%的自然流产与胚胎染色体异常有关，而这类情况往往伴随孕酮水平降低。宫外孕： 受精卵在子宫体腔以外着床，也就是宫外孕，会影响孕酮的分泌。宫外孕时，孕囊发育不良，滋养细胞分泌的人绒毛膜促性腺激素（hCG）水平较正常妊娠低，进而影响孕酮的产生，导致孕酮降低。
其他因素
不良生活方式： 长期熬夜、过度劳累等不良生活方式可能影响内分泌系统，从而影响孕酮分泌。有研究表明，长期熬夜的女性，其体内激素分泌的节律被打乱，孕酮水平可能会出现波动下降的情况。药物影响： 某些药物也可能影响孕酮水平。比如长期使用某些抗癫痫药物，可能会干扰激素的代谢，导致孕酮降低。