肝囊肿是一种比较常见的肝脏良性疾病，大多是先天性的，也就是在胚胎发育时期就形成了。据统计，人群中肝囊肿的发生率大约在1%~2%左右。
先天性因素：胚胎发育异常
胚胎发育过程中，胆管发育出现异常，就可能形成肝囊肿。这是最常见的引发肝囊肿的原因。在胚胎时期，肝内胆管如果发生局部的增生、扩张等异常情况，就会逐渐形成囊肿。这种先天性的肝囊肿一般生长比较缓慢，很多人可能在体检时才发现。
寄生虫感染因素
肝包虫囊肿： 是由细粒棘球绦虫的幼虫感染引起的。当人误食了含有棘球绦虫卵的食物后，虫卵在肠道内孵化出幼虫，幼虫会通过血液循环到达肝脏，在肝脏内逐渐发育成包虫囊肿。这种情况在畜牧地区相对多见一些，比如我国的新疆、内蒙古等地区。感染其他寄生虫： 少数情况下，其他寄生虫感染也可能导致肝脏出现类似囊肿的病变，但相对来说比较少见。
创伤及炎症因素
创伤性肝囊肿： 肝脏受到外力撞击等创伤后，肝脏组织出现血肿，血肿逐渐被吸收、机化，就可能形成囊肿。这种情况一般有明确的肝脏外伤史。炎症性肝囊肿： 肝脏的慢性炎症，比如胆管炎等，炎症刺激导致胆管局部阻塞，胆汁淤积形成囊肿。不过这种情况相对先天性和寄生虫性因素来说，发生概率较低。