智齿长不出来被肉包着且很痛的治疗方式包括：药物冲洗、服用药物、切除牙龈、拔牙以及饮食调理，应前往当地正规医院进行处理。
一、药物冲洗：
可采用生理氯化钠溶液进行冲洗，这样能有效避免细菌滋生，从而有助于减轻症状。
二、服用药物：
在冲洗之后，可在医生指导下使用如下药物。
1.如甲硝唑、罗红霉素胶囊等，用于抗菌消炎。
2.若有明显疼痛症状，可使用布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等，起到止痛效果。
三、切除牙龈：
等到炎症消退后，进行智齿拍片检查。如果智齿生长位置较正，且能建立良好的咬合关系，就可以切除部分覆盖智齿上面的牙龈，以帮助智齿萌出。
四、拔牙：
消炎后也可选择拔除智齿来进行治疗。
五、饮食调理：
平时要注意合理饮食，不能吃刺激性食物，以免加重疼痛症状。同时要注重口腔卫生，饭后用温开水漱口，养成早晚刷牙的良好习惯。
总之，当出现智齿长不出来被肉包着且疼痛的情况时，要根据具体情况选择合适的治疗方法，同时做好口腔护理和饮食管理。