慢性肠炎一般可以使用抗生素类药物、肠道益生菌类药物以及止泻类药物等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，常用诺氟沙星等抗生素；而肠道益生菌类的双歧杆菌四联活菌片可以调节肠道菌群。
抗生素类药物：
细菌感染引发的慢性肠炎： 若明确是细菌感染导致的慢性肠炎，常用诺氟沙星等喹诺酮类抗生素。不过需要注意，18岁以下的人群一般不建议使用诺氟沙星，因为可能会影响软骨发育。还有头孢类抗生素，如头孢克肟，对多种细菌有抑制作用，但对头孢过敏者禁用。
肠道益生菌类药物：
调节肠道菌群： 双歧杆菌四联活菌片可以补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能。酪酸梭菌活菌胶囊也能调节肠道菌群，促进肠道恢复正常的生理功能。这类药物一般比较安全，但在服用时要注意不能用过热的水送服，以免影响活菌的活性。
止泻类药物：
缓解腹泻症状： 蒙脱石散可以吸附肠道内的毒素和病菌，起到止泻的作用。一般成人每次服用1袋（3克），用50毫升温水溶解后服用。药用炭片也有一定的止泻效果，能吸附肠道内的气体和毒素，但如果是肠道出血导致的腹泻就不适合使用药用炭片。
中药类药物：
中成药调理： 肠炎宁片具有清热利湿、行气的作用，对于湿热蕴结胃肠所致的腹泻、腹痛等慢性肠炎症状有一定的缓解作用。补脾益肠丸可以健脾和胃、涩肠止泻，用于脾虚泄泻症，表现为腹泻腹痛、腹胀、肠鸣等。不过在服用中药类药物时，要注意避免同时食用生冷、油腻的食物，以免影响药效。