一般慢性肠炎可以使用的药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，常用诺氟沙星等抗生素，但具体用药需遵医嘱。
抗生素类药物
细菌感染引发的慢性肠炎：如果是细菌感染导致的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。不过诺氟沙星一般不建议18岁以下的青少年使用，因为可能会影响骨骼发育。还有氧氟沙星，对革兰阴性菌、阳性菌等都有较好的抗菌活性，但同样要注意儿童、孕妇等特殊人群的禁忌。
止泻类药物
腹泻症状明显时：像蒙脱石散就比较常用，它可以在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病毒、细菌及其产生的毒素等，起到止泻的作用。一般成人每次服用1袋（3克），用50毫升温水溶解后服用，但儿童服用时剂量要根据年龄调整，比如1岁以下儿童每日1袋，分3次服用；1 - 2岁儿童每日1 - 2袋，分3次服用等。另外，药用炭片也能吸附肠道内的气体和毒素，减轻腹泻症状，但不宜与抗生素同时服用，以免影响抗生素疗效。
调节肠道菌群类药物
肠道菌群失调相关的慢性肠炎：双歧杆菌四联活菌片是常见的调节肠道菌群药物，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，调整肠道菌群平衡。一般成人一次2 - 3片，一日3次，用温水送服，儿童用量酌减。还有地衣芽孢杆菌活菌胶囊，以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠道功能。儿童服用时可将胶囊内容物用温水或牛奶冲服。