慢性结肠炎一般可以使用氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等药物治疗。例如氨基水杨酸制剂中的柳氮磺吡啶，是常用药物之一，一般需按疗程规范使用。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是治疗慢性结肠炎的常用药物，它可以在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸能够抑制肠道炎症反应。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，有口服剂型和灌肠剂型。口服美沙拉嗪适用于轻、中度的慢性结肠炎；灌肠剂型的美沙拉嗪则更针对直肠和乙状结肠部位的炎症，能直接作用于病变部位，减轻局部炎症。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，对于病情较重的慢性结肠炎患者，在氨基水杨酸制剂效果不佳时可考虑使用。但长期使用可能会有一些副作用，如骨质疏松、血糖升高等。氢化可的松： 也可用于慢性结肠炎的治疗，一般通过静脉滴注等方式给药，适用于急性发作且病情较重的患者，能快速缓解炎症反应，但同样需要注意其可能带来的不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳、病情反复的慢性结肠炎患者。它可以抑制免疫系统的异常反应，从而减轻肠道炎症，但起效相对较慢，一般需要服用数月才能看到明显效果，而且可能会有骨髓抑制等副作用，用药期间需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于慢性结肠炎的治疗，同样需要密切关注药物的不良反应。
微生态制剂类药物
双歧杆菌四联活菌片： 可以调节肠道菌群平衡，改善肠道微生态环境，对于慢性结肠炎引起的肠道功能紊乱有一定的辅助治疗作用。它能补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长繁殖。枯草杆菌二联活菌颗粒： 也有助于调节肠道菌群，促进肠道正常功能的恢复，可用于慢性结肠炎患者肠道菌群失调的调整，一般儿童和成人都可以使用，但使用时需注意用温水送服，避免温度过高破坏活菌的活性。