肝上血管瘤的病因目前尚不十分明确，可能与以下因素有关。一般认为，肝血管瘤的发生是先天性肝脏末梢血管畸形所致，在胚胎发育过程中，由于肝血管发育异常，引起血管内皮细胞异常增生形成血管瘤。
先天发育异常因素
血管发育异常： 在胚胎发育时期，肝脏的血管形成出现了异常情况。例如，原始血管丛在分化过程中，某些区域的血管分化出现偏差，导致局部血管结构异常增殖，逐渐形成血管瘤。这种先天性的血管发育异常是肝血管瘤发生的重要基础之一。遗传因素影响： 有研究发现，部分肝血管瘤患者存在一定的遗传倾向。如果家族中有肝血管瘤患者，那么其亲属患肝血管瘤的概率可能会相对较高。不过，目前对于具体的遗传机制还在进一步研究中，但遗传因素在肝血管瘤的发生中起到了一定的作用。
激素影响因素
女性激素相关： 临床上发现，女性肝血管瘤患者相对较多，尤其是在青春期、妊娠期等女性激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会有所增大。这提示女性激素可能对肝血管瘤的发生和发展有一定影响。女性体内的雌激素等激素可能会刺激血管内皮细胞增殖，从而促进血管瘤的形成或使其增大。其他激素变化： 除了女性激素外，其他一些激素的变化也可能与肝血管瘤的发生有关。例如，在某些内分泌疾病状态下，激素水平失衡可能会间接影响肝脏血管的状态，增加肝血管瘤发生的风险，但具体的作用机制还需要更深入的研究来明确。
其他可能相关因素
肝脏局部感染： 肝脏局部如果曾经发生过感染，比如细菌感染、病毒感染等，可能会对肝脏血管产生一定的刺激。在感染修复过程中，可能会导致血管的异常增生，进而引发血管瘤。不过，这种情况相对较少见，但也是肝血管瘤可能的诱发因素之一。肝脏外伤： 肝脏受到外伤后，局部组织会进行修复，在修复过程中血管的再生可能出现异常，从而形成血管瘤。虽然肝脏外伤导致肝血管瘤的情况并不普遍，但也是需要考虑的一个因素。例如，腹部受到撞击等外伤后，有可能引发肝脏血管的损伤和后续的异常修复，增加肝血管瘤的发生几率。