肝上有血管瘤的具体病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，先天性发育异常是导致肝血管瘤的一个重要因素，在胚胎发育过程中，血管发育异常可能会形成血管瘤。另外，激素水平的变化也可能与之相关，女性在青春期、怀孕、口服避孕药等情况下，体内激素水平波动，可能影响血管瘤的发生发展。还有研究表明，毛细血管感染后变形，导致毛细血管扩张，也可能是肝血管瘤形成的原因之一。
先天性发育异常因素
胚胎期血管发育异常： 在胚胎发育的早期，血管系统开始形成，若在这个阶段出现血管内皮细胞的异常增殖或分化，就可能导致肝内血管结构异常，进而形成血管瘤。例如，在胚胎的第6 - 8周时，血管网开始相互连通，若此时出现发育障碍，就可能为肝血管瘤的形成埋下隐患。遗传因素相关： 虽然目前并没有确凿的证据表明肝血管瘤具有明显的遗传性，但有研究发现部分肝血管瘤患者可能存在一定的家族聚集倾向，提示遗传因素可能在其中起到一定的作用，但具体的遗传机制还有待进一步深入研究。
激素水平变化因素
女性特殊时期影响： 女性在青春期时，体内激素水平开始发生较大变化，雌激素等水平升高，可能会对肝脏血管的生长产生影响。怀孕时，女性体内的激素水平会大幅升高，这可能刺激肝内原本存在的潜在异常血管组织增生，从而促进肝血管瘤的形成或使原有血管瘤增大。口服避孕药的女性，由于药物中含有激素成分，也可能干扰体内正常的激素平衡，增加肝血管瘤发生的风险。一般来说，长期口服避孕药的女性，肝血管瘤的发病几率可能会比不服用避孕药的女性略高一些。
毛细血管感染因素
毛细血管感染后改变： 当肝脏的毛细血管受到感染时，可能会导致血管内皮细胞发生变形，进而引起毛细血管扩张。这种毛细血管的异常改变如果持续存在并进一步发展，就有可能逐渐形成肝血管瘤。例如，在一些局部感染性炎症的刺激下，毛细血管的结构和功能发生改变，随着时间的推移，就可能逐渐演变成血管瘤样的病变。不过，这种因毛细血管感染导致肝血管瘤的情况相对较为少见，但也是肝血管瘤形成的一个可能因素。