治疗毛囊炎常用的药物有抗生素类药物等。一般来说，局部外用抗生素软膏是常见的治疗方式，比如莫匹罗星软膏，它对多种细菌有抑制作用，能帮助减轻毛囊炎的炎症等症状。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，像金黄色葡萄球菌、链球菌等感染导致的毛囊炎，直接涂抹在患处，能起到杀菌消炎的作用，帮助缓解毛囊炎部位的红肿、疼痛等症状。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌也有较好的抗菌活性，可用于治疗由葡萄球菌、链球菌等感染引起的毛囊炎，涂抹后能抑制细菌的生长繁殖，促进炎症消退。
系统用抗生素药物
头孢类抗生素： 如果毛囊炎比较严重，有扩散趋势或者外用药物效果不佳时，可能会用到头孢类抗生素。但这类药物属于处方药，需要在医生的判断下使用，它通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，能有效控制严重的毛囊炎感染情况。不过使用前需要确认患者没有头孢类药物过敏史等情况。大环内酯类抗生素： 比如红霉素等，对于一些对青霉素类药物过敏的患者，可选用大环内酯类抗生素来治疗毛囊炎。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而达到抗菌的效果，可口服也可外用制剂，口服时需要遵循医生的剂量等要求。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，像马拉色菌感染导致的毛囊炎，就需要使用抗真菌药物。酮康唑乳膏能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的生长，从而治疗由真菌感染引起的毛囊炎。使用时要注意按照正确的方法涂抹在患处。特比萘芬乳膏： 同样适用于真菌感染引起的毛囊炎，它能特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，选择性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯环氧化反应受阻，从而达到杀菌、抑菌的作用。