性交疼的原因有多种。比如女性方面，阴道炎是常见原因之一，约30% - 40%的女性性交疼可能与阴道炎有关，像霉菌性阴道炎，会因阴道黏膜充血、水肿，性交时刺激加重疼痛；还有子宫内膜异位症，大概10% - 15%的女性性交疼由它引起，异位的内膜组织在性交时受牵扯会产生疼痛。
女性自身原因
阴道炎导致： 除了霉菌性阴道炎，细菌性阴道炎也会引发性交疼。细菌性阴道炎时阴道内菌群失调，pH值改变，性交摩擦会刺激阴道黏膜，出现疼痛不适，患者能感觉到阴道有灼热感、疼痛感。子宫内膜异位症导致： 子宫内膜异位症除了性交时牵扯痛，还可能在月经期间疼痛加剧，患者会发现经期腹痛情况比以往严重，且这种疼痛可能会逐渐加重。
男性自身原因
包皮过长或包茎： 大约20%的男性性交疼与包皮问题有关。包皮过长时，包皮口狭窄的包茎患者，性交时包皮上翻困难，会引起疼痛，还可能导致包皮嵌顿，严重影响性生活。前列腺炎： 有统计显示，约15% - 20%的男性慢性前列腺炎患者会出现性交疼。前列腺炎会使前列腺充血、水肿，射精时前列腺收缩，刺激周围神经，引发性交时疼痛，同时可能伴有尿频、尿急等症状。
双方配合因素
性交姿势不当： 如果双方在性交时采用了不恰当的姿势，比如过于粗暴或不合理的体位，就容易造成身体某部位的损伤或不适，进而引发性交疼。例如一些比较剧烈、不舒适的体位，可能会对女性的阴道、男性的生殖器等部位产生过度的压力或摩擦。前戏不充分： 前戏不足会导致女性阴道分泌的润滑液不够，男性生殖器也可能不够充分勃起，此时进行性交就容易造成摩擦过度，引起疼痛，大约有25%的性交疼可能与前戏不充分有关。