睡醒后眼睛疼头疼，可能是由睡眠环境差引起，也可能是青光眼、偏头痛等疾病所致，需根据具体情况进行相应处理。
一、非疾病因素
睡眠环境明暗不适、枕头不合适、睡眠姿势不当等，会影响睡眠质量，进而导致眼睛疼和头疼。这种情况下，不必过度担忧，调整好睡眠环境后，症状通常会逐渐减轻。
二、疾病因素
1.青光眼：该疾病可引发慢性静态肌肉疲劳，使眼压升高，还可能伴有眼胀、视力模糊、恶心等表现。患者可在医生指导下外用以下药物进行治疗：
(1)盐酸倍他洛尔滴眼液：能降低眼压。
(2)布林佐胺滴眼液：有助于控制眼压。
(3)硝酸毛果芸香碱滴眼液：可改善青光眼症状。
2.偏头痛：此疾病与遗传、环境等多因素相关，睡眠质量差可能诱发颅内压增高，从而出现睡醒眼睛疼头疼，还可能有疲劳、恶心、呕吐等不适。患者可遵医嘱服用以下药物缓解症状：
(1)对乙酰氨基酚片：具有镇痛作用。
(2)布洛芬缓释胶囊：可减轻疼痛。
(3)双氯芬酸钠缓释胶囊：能缓解偏头痛症状。
此外，还可能是发热、高血压、丛集性头痛、脑供血不足、脑水肿等原因导致。若出现这种情况，建议前往医院眼科、神经内科就诊，在医生指导下通过详细检查明确病因。
总之，睡醒后出现眼睛疼头疼要综合考虑多种因素，必要时寻求专业医生的帮助以明确原因并进行针对性治疗。