自然流产的原因较多，据统计，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
染色体异常因素
胚胎染色体数目异常：常见的有三体、单体等情况，比如21 - 三体综合征相关的胚胎就容易发生自然流产。这是因为染色体数目异常会导致胚胎发育出现严重障碍，无法正常着床或维持妊娠。胚胎染色体结构异常：像染色体缺失、易位等结构方面的异常，也会影响胚胎的正常发育，增加自然流产的风险。
母体自身因素
内分泌失调：例如黄体功能不全，约占自然流产原因的10% - 20%。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，从而容易引发流产。甲状腺功能异常也是一个因素，甲状腺功能减退或亢进都可能影响妊娠，导致自然流产发生率升高。生殖系统解剖异常：子宫畸形是常见的情况，如纵隔子宫、单角子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎着床和生长空间，增加自然流产几率。子宫肌瘤也可能起作用，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育。
免疫因素
自身免疫异常：母体存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病时，体内的自身抗体可能攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应，导致胚胎缺血缺氧，引发自然流产。同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足，使得母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而导致自然流产。比如封闭抗体缺乏，就可能引起这种同种免疫异常。
感染因素
病原体感染：孕期如果感染了弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等病原体，这些病原体可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎发育，导致自然流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿发生流产、死胎或先天性畸形的风险明显增加。