舌下腺囊肿的治疗主要以手术为主。一般来说，手术切除是根治舌下腺囊肿的有效方法，通过手术完整切除舌下腺及囊肿，可降低复发几率。
手术治疗方式
袋形缝合术： 对于不能耐受较大手术的患儿或情况紧急时，可采用袋形缝合术，将囊肿黏膜与口腔黏膜缝合，使囊肿内容物引流到口腔，但这只是暂时缓解，后续还需处理舌下腺。舌下腺切除术： 这是根治的方法，完整切除舌下腺，从根本上解决囊肿产生的来源。手术需在正规医疗机构由专业医生操作，术后要注意口腔卫生，避免感染。
非手术治疗情况
婴儿型舌下腺囊肿： 部分婴儿型舌下腺囊肿有自行消退的可能，可先观察，但要密切关注囊肿变化，如果囊肿增大影响呼吸等情况，仍需及时手术。穿刺抽液： 可以穿刺抽出囊液，但单纯穿刺抽液很快会复发，一般不单独作为治疗方法，多配合其他治疗手段。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要吃软食，避免吃坚硬、辛辣刺激性食物，防止刺激手术部位，影响伤口愈合。一般术后1-2天可吃流食，如粥、牛奶等，之后逐渐过渡到半流食、软食。口腔清洁： 要保持口腔清洁，每天用淡盐水漱口，防止伤口感染。可以在饭后和睡前进行漱口，每次漱口时间不少于30秒。复查： 术后要按照医生要求按时复查，一般术后1周左右复查一次，观察伤口愈合情况等，确保恢复良好。