舌下腺囊肿主要治疗方式是手术切除，一般通过手术完整摘除囊肿及舌下腺，复发率较低。比如儿童和成人的舌下腺囊肿，手术是主要的有效治疗手段。
手术治疗为主
单纯囊肿摘除术： 这是比较传统的方法，将囊肿壁切除，但单纯摘除囊肿复发率较高，因为舌下腺仍存在，有可能再次形成囊肿。舌下腺切除术： 这是根治舌下腺囊肿的方法，因为舌下腺是产生囊肿分泌物的来源，切除舌下腺后从根源上解决问题，复发几率大大降低。手术一般在局部麻醉下进行，对于儿童患者要谨慎操作，确保手术安全。
其他治疗情况
穿刺抽液： 可以暂时缓解囊肿引起的肿胀等症状，但单纯穿刺抽液很快会复发，因为囊液会不断分泌，所以一般不单独作为治疗方法，多作为暂时缓解症状的手段，比如在一些不能立即进行手术的紧急情况下，可先穿刺抽液缓解局部压力。激光治疗： 有报道称可以用激光破坏囊肿上皮，但激光治疗的效果和复发情况还需要更多临床验证，目前不是主流的治疗方式，且对于儿童患者的安全性等还需进一步观察。
术后注意事项
儿童患者： 术后要特别注意口腔卫生，因为儿童自我口腔清洁能力较弱，要帮助儿童保持口腔清洁，可使用儿童专用的漱口水（在医生指导下选择），饮食上要避免吃辛辣、刺激性食物，防止刺激手术部位，影响恢复。成人患者： 术后也要注意口腔卫生，保持清淡饮食，避免剧烈运动，防止创口出血等情况。一般术后一周左右可恢复正常饮食，但仍要注意避免过硬、过烫的食物刺激创口。同时要按照医生要求按时复诊，观察创口愈合情况。