食道反流常见的症状有多种，其中最典型的是烧心，大约有超过50%的患者会出现烧心症状，通常是在进食后1小时左右出现胸骨后或剑突下的烧灼感，可向颈部、肩部放射。另外一个常见症状是反流，患者能感觉到有酸性或带苦味的胃内容物反流到口腔。
消化系统相关症状
反流：除了上述提到的反流到口腔，有时还可能反流到咽部，让人感觉嘴里有酸水。一般在平卧、弯腰或腹压增高时更容易发生反流。烧心：除了饭后1小时左右出现，有时候剧烈运动后也可能诱发烧心，而且烧心程度有轻有重，严重的可能会影响日常生活和睡眠。
食管外相关症状
咳嗽：长期的食道反流可能会刺激咽喉部，引起咳嗽，这种咳嗽往往在夜间比较明显，容易被误认为是支气管炎等疾病，但用治疗支气管炎的药物效果不佳。哮喘：部分食道反流患者会合并哮喘，反流物刺激气道可能诱发哮喘发作，使得哮喘症状加重或难以控制，这类患者往往需要同时治疗食道反流和哮喘才能取得较好效果。
其他相关症状
吞咽困难：有的患者会出现吞咽困难，初期可能是间歇性吞咽困难，吃固体食物时明显，随着病情进展，可能会发展为持续性吞咽困难，这是因为食道反流引起食道痉挛或狭窄导致的。胸痛：类似心绞痛的胸痛可能会出现，疼痛可放射到心前区、后背、肩部等部位，容易被误诊为冠心病，需要通过心电图等检查来鉴别。