肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或经手术切开引流后形成的后遗症。
一、肛腺感染引发肛瘘
肛腺位置特点： 肛腺位于肛管直肠交界处，开口于肛窦，肛窦易受粪便损伤而感染，感染可蔓延至肛腺。一旦肛腺感染，炎症会沿着肛管直肠周围间隙蔓延，形成脓肿，脓肿破溃或切开引流后，若引流不彻底，就容易形成肛瘘。比如，儿童肛腺相对发达，且免疫力相对较低，肛窦感染后更易引发肛腺感染进而导致肛瘘。肛窦损伤因素： 腹泻、便秘等情况容易导致肛窦损伤，比如长期便秘的人，干结的大便容易划伤肛窦，从而增加肛腺感染的风险。据临床统计，约有80%的肛瘘患者最初是因为肛窦感染引发肛腺炎症，进而发展为肛瘘的。
二、特异性炎症导致肛瘘
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛管直肠时，炎症会破坏肛管直肠组织，容易形成肛瘘。克罗恩病引起的肛瘘往往比较复杂，治疗相对困难，且容易复发。研究发现，克罗恩病患者中约有20% - 30%会并发肛瘘。溃疡性结肠炎： 这是一种结肠和直肠的慢性非特异性炎症性疾病。炎症可累及直肠肛管，炎症蔓延可导致肛管直肠周围脓肿，进而形成肛瘘。溃疡性结肠炎患者出现肛瘘的概率相对克罗恩病低一些，但也有一定比例，一般在5% - 10%左右。
三、其他因素与肛瘘形成
直肠肛管外伤： 比如肛管直肠部位受到外力撞击、异物损伤等。外伤后，如果伤口处理不当，细菌容易侵入，引发感染，进而形成肛瘘。例如，有患者因骑跨伤导致肛管直肠受伤，后续发生感染形成肛瘘。结核杆菌感染： 结核杆菌感染也可能导致肛瘘。当人体感染结核杆菌后，结核杆菌可累及肛管直肠部位，引起组织炎症、坏死，形成脓肿，脓肿破溃后形成肛瘘。不过，由结核杆菌引起的肛瘘相对较少见，但在结核高发地区或有结核病史的人群中需要警惕。