肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。比如，肛周脓肿若没有得到及时有效的治疗，感染灶反复发炎，就容易形成肛瘘。
肛周脓肿相关因素
肛周感染： 肛腺感染是引发肛周脓肿进而导致肛瘘的常见原因。肛腺位于肛管直肠交界处，容易被粪便等污染，一旦感染，炎症会向周围蔓延。据统计，约80%以上的肛瘘与肛腺感染有关。脓肿处理不当： 如果肛周脓肿在初期没有进行规范的切开引流，或者引流不彻底，脓液残留，就会持续刺激周围组织，使得感染反复，最终形成肛瘘。
其他潜在因素
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛管直肠时，容易出现肛周病变，包括肛瘘。克罗恩病引起的肛瘘相对比较复杂，治疗也更具挑战性。结核病： 结核分枝杆菌感染也可能导致肛瘘。不过这种情况相对少见，但在免疫力低下或者有结核病史的人群中需要警惕。结核引起的肛瘘通常病程较长，且容易反复发作。直肠肛管外伤： 比如受异物损伤、肛管直肠手术等，外伤会使肠道内的细菌进入周围组织，引发感染，如果感染没有得到良好控制，也有发展为肛瘘的可能。