肛瘘主要是由肛腺感染引起的，大约90%的肛瘘源于肛腺感染。肛腺开口在肛管齿线附近，若肠道内的细菌侵入肛腺，引发炎症，感染会沿着肛管直肠周围间隙蔓延，进而形成脓肿，脓肿破溃或切开引流后，就容易形成肛瘘。
肛周脓肿未及时规范治疗所致
肛周脓肿是肛瘘的重要前驱病。当肛周脓肿发生后，如果没有得到及时、规范的治疗，比如脓肿没有彻底引流干净，感染灶持续存在，就很容易发展为肛瘘。一般来说，肛周脓肿发病后1 - 2个月内，就可能逐渐形成肛瘘。
直肠肛管外伤引发
直肠肛管受到外伤时，如异物损伤、肛管直肠手术损伤等，细菌容易侵入伤口，引发感染，进而导致肛瘘形成。比如做肛管直肠手术时，如果手术操作不当，损伤了肛管直肠组织，术后恢复过程中就可能出现感染，最终形成肛瘘。而且外伤后如果伤口护理不当，感染风险会进一步增加。
克罗恩病等疾病影响
一些肠道疾病也可能引发肛瘘，像克罗恩病。克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，当累及肛管直肠时，炎症会破坏肛管直肠组织，导致肛瘘的发生。患有克罗恩病的患者，发生肛瘘的概率比普通人要高很多，这类患者往往需要同时治疗克罗恩病和肛瘘。另外，结核病也可能导致肛瘘，不过相对来说比较少见，当结核杆菌侵犯肛管直肠时，也会引起感染，进而形成肛瘘。