肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来的，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
一、肛周脓肿引发
肛周脓肿未及时处理： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，若脓肿没有得到有效的控制，脓液会不断积聚，进而向周围组织蔓延，突破皮肤或黏膜后就容易形成肛瘘。比如，肛周脓肿患者如果没有及时进行规范的治疗，约有九成会发展为肛瘘。脓肿位置与肛瘘形成的关系： 低位的肛周脓肿相对来说形成简单肛瘘的几率较高，而高位的肛周脓肿形成复杂肛瘘的可能性更大。因为高位脓肿涉及的解剖结构更复杂，感染蔓延的范围更广。
二、特异性感染因素
结核杆菌感染： 结核杆菌引起的肛瘘相对少见，但一旦感染结核，也容易形成肛瘘。结核杆菌会侵犯肛管直肠组织，导致组织发生坏死、破溃，进而形成肛瘘。患者除了有肛瘘的表现外，还可能伴有低热、盗汗、乏力等结核中毒症状。克罗恩病导致： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位。当累及肛管直肠时，会引起肠道的炎症、溃疡、穿孔等，进而形成肛瘘。克罗恩病导致的肛瘘往往比较复杂，治疗也相对困难，患者可能会出现腹痛、腹泻、体重下降等多种症状。
三、其他因素
直肠肛门损伤： 比如肛门直肠部的外伤，像异物损伤、肛管直肠手术损伤等。如果损伤后没有得到良好的处理，细菌容易侵入受损部位，引发感染，进而形成肛瘘。例如，进行肛管直肠手术时，如果操作不当损伤了肛管直肠组织，术后感染就可能导致肛瘘的形成。会阴部手术影响： 一些会阴部的手术，如内痔注射不当、直肠周围注射化学药物等，也可能引起感染，从而导致肛瘘。比如内痔注射时，如果药物注射位置不准确，导致局部感染，就有可能发展为肛瘘。