胆管扩张的原因主要有先天性因素、胆道梗阻以及寄生虫感染等。先天性因素中，胆总管囊肿是较为常见的一种，据统计，约75%的胆管扩张是由先天性胆管发育异常引起的，这种发育异常使得胆管壁薄弱，从而导致胆管扩张。
一、先天性因素
胆管壁先天性薄弱： 胚胎发育时期，胆管壁的肌层和弹力纤维发育不良，导致胆管壁结构薄弱，容易发生扩张。比如在胚胎期第5周~9周时，胆管系统发育出现异常，就可能引发这种先天性的胆管壁结构问题。遗传因素影响： 有一定的遗传倾向，若家族中有胆管扩张的病史，后代患病的风险相对会增加。研究发现某些基因的突变可能与先天性胆管扩张的发生相关。
二、胆道梗阻
结石阻塞胆道： 胆道内的结石会引起胆道梗阻，长期的梗阻会使胆管内压力升高，进而导致胆管扩张。例如胆管内的胆红素结石、胆固醇结石等，都可能造成胆道梗阻。一般来说，结石直径超过0.3厘米时就较容易引起梗阻情况。肿瘤压迫胆管： 胆管周围的肿瘤，如肝癌、胰头癌等，会压迫胆管，导致胆汁排出受阻，胆管内压力逐渐增高，最终引起胆管扩张。肿瘤压迫造成的胆管扩张，随着肿瘤的生长，梗阻情况会逐渐加重。
三、寄生虫感染
华支睾吸虫感染： 华支睾吸虫寄生在胆道内，会引起胆道炎症，导致胆管黏膜损伤、管壁增厚，进而引起胆管扩张。在流行地区，如东南亚一些国家，华支睾吸虫感染较为常见，当地人群中胆管扩张的发生率相对较高。人体感染华支睾吸虫后，虫卵随胆汁进入胆管，虫体及其代谢产物会刺激胆管，引发一系列病理改变。