前列腺囊肿的形成原因主要有以下几方面。首先是先天性因素，在胚胎发育时期，中肾导管与中肾旁管发育异常，管腔部分扩张就可能形成前列腺囊肿，这种情况多在先天性疾病中被发现。
先天性发育异常导致
中肾导管异常：胚胎发育时中肾导管如果出现异常的扩张、分化等情况，就可能引发前列腺囊肿相关结构的异常。比如中肾导管在发育过程中，部分区域没有正常退化，就可能形成囊肿样结构。中肾旁管异常：中肾旁管在胚胎时期的发育异常也与前列腺囊肿的形成有关。中肾旁管的某些部分发育异常扩张，也会参与到前列腺囊肿的形成过程中。
后天性因素相关
炎症性因素：前列腺的慢性炎症会使前列腺腺管发生阻塞。像慢性前列腺炎，炎症长期刺激前列腺组织，导致腺管黏膜发生充血、水肿，进而引起管腔狭窄、阻塞，分泌物潴留形成囊肿。例如一些长期患有慢性前列腺炎且未得到有效控制的患者，就有较高的前列腺囊肿发病风险。寄生虫性因素：寄生虫感染也可能导致前列腺囊肿。比如寄生虫（如包虫）能使前列腺管及周围发生慢性炎症，或者引发结缔组织增生，逐渐形成囊肿。当人体感染相关寄生虫后，寄生虫在前列腺部位寄生繁殖，影响前列腺的正常结构和功能，最终导致囊肿形成。
其他因素影响
退行性改变：前列腺腺泡发生退行性改变也可能促使囊肿形成。随着年龄增长，前列腺组织会出现一定程度的退行性变化，腺泡的功能和结构发生改变，部分腺泡扩张形成囊肿。一般来说，年龄较大的男性相对更易受到这种退行性改变的影响而出现前列腺囊肿。