肛门瘙痒的原因有多种。一般来说，约20%的肛门瘙痒是由局部皮肤病变引起，80%与全身因素相关。
局部皮肤病变导致
肛周皮肤病： 像湿疹就是常见原因之一，它会使肛周皮肤出现红斑、丘疹，伴有剧烈瘙痒，搔抓后可能渗液、结痂。还有股癣，由真菌感染引起，会在肛周及臀部出现环状红斑，边缘有丘疹、水疱，瘙痒明显。痔疮： 当内痔脱出或外痔发炎时，会刺激肛门周围皮肤，导致分泌物增多，长期刺激就易引起肛门瘙痒。比如Ⅲ度以上内痔，脱出后不易回纳，分泌物常污染肛周皮肤，引发瘙痒。
全身因素引发
肠道寄生虫病： 最常见的是蛲虫病，多见于儿童，夜间蛲虫会爬到肛门周围产卵，刺激局部皮肤，引起剧烈瘙痒，尤其夜间更明显。据统计，儿童蛲虫感染时肛门瘙痒发生率较高。肝胆疾病： 像黄疸患者，由于血液中胆盐含量升高，会刺激皮肤神经末梢，导致全身皮肤瘙痒，肛门周围也不例外。比如肝硬化患者出现黄疸后，常伴有全身皮肤及肛门瘙痒。内分泌紊乱： 糖尿病患者血糖控制不佳时，尿液中含糖量增高，会刺激肛门皮肤；甲状腺功能亢进患者新陈代谢加快，也可能出现皮肤瘙痒症状，包括肛门瘙痒。
不良生活习惯所致
卫生习惯差： 不经常清洗肛门，会使粪便残渣、分泌物等残留，长期刺激肛门皮肤引起瘙痒。比如有些人群排便后只用纸巾简单擦拭，未进行清洁冲洗，就容易引发瘙痒。穿着不恰当： 穿着紧身、不透气的内裤，或经常穿化纤材质的裤子，会导致肛门局部透气性差，汗液不易蒸发，使皮肤处于潮湿环境，从而诱发肛门瘙痒。例如在炎热天气里，长期穿着紧身尼龙内裤就易出现这种情况。