患上卵巢囊肿的治疗方法需根据囊肿性质、大小等因素来定。一般来说，直径小于5厘米的生理性卵巢囊肿，有一定几率自行消失，可先定期观察，比如每3~6个月复查一次B超，观察囊肿变化情况。
生理性卵巢囊肿的处理
随访观察为主： 对于直径小于5厘米且超声提示为单纯性、无分隔的生理性囊肿，多数情况下不需要立即手术，可间隔3~6个月复查超声，观察囊肿是否缩小或消失。因为部分生理性囊肿是由于排卵等生理因素引起，会随月经周期变化而自行消退。注意生活方式： 在观察期间，要保持规律作息，避免过度劳累，同时注意保持心情舒畅，因为不良情绪可能会影响内分泌，对囊肿产生一定影响。
病理性卵巢囊肿的治疗
手术治疗情况： 如果卵巢囊肿直径大于5厘米，或者持续存在超过3个月不消退，或者考虑为病理性囊肿（如巧克力囊肿、囊实性囊肿等），通常需要手术治疗。手术方式有多种，比如卵巢囊肿剥除术，适用于希望保留生育功能的患者；还有患侧卵巢切除术，适用于年龄较大、无生育要求且囊肿为恶性倾向等情况的患者。手术时机选择： 对于考虑为恶性肿瘤可能的卵巢囊肿，需要尽快手术，以便明确诊断并进行相应治疗。
药物辅助治疗
针对子宫内膜异位症相关囊肿： 对于巧克力囊肿等与子宫内膜异位症相关的卵巢囊肿，可使用药物辅助治疗。例如口服避孕药，通过抑制排卵，减少雌激素分泌，从而控制子宫内膜异位症的发展，对较小的巧克力囊肿可能有一定的治疗作用；还有GnRH-a类药物，能抑制卵巢功能，使雌激素水平下降至绝经后状态，达到药物性卵巢切除的目的，使囊肿缩小，但这类药物使用时间一般不超过6个月，因为长期使用可能会引起骨质疏松等不良反应。抗炎药物辅助： 如果是炎症引起的卵巢囊肿，可能会使用抗炎药物辅助治疗，但一般是在手术前后配合使用，通过使用抗生素等抗炎药物来控制炎症反应，预防感染等情况发生。