子宫内膜异位症的引起原因目前尚未完全明确，不过有几种主要学说。其中种植学说较为被认可，经血逆流时，子宫内膜组织可能随经血通过输卵管逆流进入盆腔，然后种植在盆腔脏器表面等部位，像有研究发现大约10% - 15%的育龄女性存在经血逆流现象，但并非所有人都会发病。
免疫炎症因素：
自身免疫功能异常： 人体的免疫系统如果出现异常，就可能无法正常识别和清除异位的子宫内膜组织。比如一些自身免疫性疾病患者，发生子宫内膜异位症的风险相对更高。炎症反应参与： 异位的子宫内膜会引发炎症反应，炎症因子会刺激周围组织，导致盆腔内环境改变，促进子宫内膜异位症的发展。例如前列腺素等炎症介质的释放会影响盆腔的生理状态。
遗传因素：
家族遗传倾向： 子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有该病，那么其他女性成员患病的风险会比普通人群高。有研究表明，一级亲属中有子宫内膜异位症患者的女性，发病风险可能增加7 - 10倍。基因相关： 某些特定基因的突变或异常表达可能与子宫内膜异位症的发生有关。虽然具体的相关基因还在不断研究中，但已经发现一些基因在子宫内膜异位症的发病机制中起到作用。
其他因素：
环境因素： 长期接触一些环境污染物等可能会影响人体的内分泌和免疫功能，从而增加患子宫内膜异位症的风险。比如长期处于含有某些化学物质的环境中。医源性因素： 像剖宫产时，子宫内膜组织可能种植在手术切口处，引发腹壁子宫内膜异位症；还有人工流产等宫腔操作，也可能导致子宫内膜组织异位种植。据统计，剖宫产术后发生腹壁子宫内膜异位症的概率约为0.03% - 0.4%。