子宫内膜异位症的发生与多种因素有关。目前认为，子宫内膜种植学说被广泛认可，此外，免疫与炎症因素、遗传因素等也可能参与其中。
一、种植学说相关因素
经血逆流： 经期时，子宫内膜碎片可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢、盆腔腹膜等部位，进而发展为子宫内膜异位症。据统计，约10% - 15%的育龄女性存在经血逆流现象，但并非所有人都会发病。医源性种植： 如剖宫产时，子宫内膜组织可能种植在手术切口处；人工流产时，也可能将子宫内膜组织带至盆腔其他部位，增加发病风险。
二、免疫与炎症因素
免疫系统异常： 人体的免疫系统可识别和清除异位的子宫内膜组织，但如果免疫系统功能出现异常，就可能无法有效清除这些异位组织，导致子宫内膜异位症的发生。例如，体内某些免疫细胞的功能失调，不能正常发挥对异位内膜的监视和清除作用。炎症反应参与： 异位的子宫内膜会引发炎症反应，局部炎症介质增多，促进异位内膜的生长、黏附及侵袭。炎症还可能改变盆腔内环境，有利于子宫内膜异位症的发生发展。
三、遗传因素
家族聚集性： 子宫内膜异位症具有一定的遗传倾向，如果家族中有亲属患有该病，那么其他女性成员发病的风险会相对增高。研究发现，某些基因的突变或多态性与子宫内膜异位症的发病相关，遗传因素可能通过影响子宫内膜的生物学行为等方面来增加发病几率。
四、其他因素
内分泌因素： 雌激素可促进子宫内膜生长，而子宫内膜异位症组织中的雌激素受体含量较高，异位的内膜组织受雌激素刺激后会不断生长、增殖，这也与疾病的发生发展密切相关。另外，孕激素水平异常也可能影响子宫内膜的正常代谢，增加患病风险。环境因素： 长期处于不良的环境中，如接触某些化学物质等，可能会对内分泌系统产生干扰，从而间接影响子宫内膜异位症的发生，但具体的作用机制还在进一步研究中。