肾结石形成的原因较为复杂，通常与多种因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，析出结晶就可能形成肾结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多。
代谢异常方面
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结晶，进而发展为肾结石。例如，尿钙排泄增加是导致肾结石的重要因素之一，一些人由于肠道吸收钙过多等原因，会使尿液中钙含量升高，增加结石形成风险。尿酸代谢异常： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会使尿酸浓度升高，当超过其在尿液中的溶解度时，就会析出尿酸结晶，引发尿酸结石。
局部因素影响
尿路梗阻： 尿路存在梗阻情况时，尿液排出不畅，会导致尿液中晶体物质容易沉积，从而促进肾结石形成。比如肾盂输尿管连接部狭窄等先天性尿路梗阻，或者前列腺增生等引起的后天性尿路梗阻，都可能增加肾结石发生几率。感染因素： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，进而形成结石。例如变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵等晶体沉淀，引发感染性肾结石。
生活方式相关
饮水不足： 每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，导致尿液中晶体物质浓度升高，容易形成结石。一般建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，降低结石形成风险。饮食不当： 长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食也易诱发肾结石。像经常大量摄入菠菜、甜菜、巧克力等富含草酸的食物，或者大量食用动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，都可能增加肾结石发生概率。比如菠菜中草酸含量较高，过多食用可能影响体内草酸代谢，增加草酸钙结石形成风险。