肾结石形成的原因较多，其中尿液中某些物质浓度过高是重要因素。一般来说，尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度过高，超过尿液溶解限度时，就容易析出形成结石，比如有研究发现约80%的肾结石与尿液中钙含量异常有关。
代谢异常相关原因
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，超过了尿液的缓冲能力，就可能形成含钙的肾结石；尿酸排泄过多，尿液尿酸浓度升高，易形成尿酸结石。尿量过少：如果每天饮水量不足，尿量就会减少，尿液中矿物质浓度升高，增加结石形成风险。一般建议肾结石患者每天饮水量应保持在2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液中矿物质浓度。
局部因素相关原因
尿路梗阻：当尿路存在狭窄、肿瘤等情况导致尿液排出受阻时，尿液在局部潴留，使尿液中矿物质沉积，容易形成结石。比如输尿管狭窄的患者，发生肾结石的概率就相对较高。尿路感染：某些细菌感染会改变尿液的成分和酸碱度，为结石形成创造条件。例如，变形杆菌等细菌可分解尿素产生氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵等结石成分沉淀。
其他因素相关原因
饮食因素：长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食容易引发肾结石。像菠菜、坚果等食物草酸含量高，长期大量食用可能增加草酸结石风险；动物内脏、海鲜等嘌呤含量高，代谢后产生尿酸增多，易形成尿酸结石。药物因素：某些药物也可能导致肾结石形成。比如长期服用维生素C，过量的维生素C会代谢为草酸，增加尿草酸浓度；还有磺胺类药物等，在尿液中溶解度低，容易形成结晶，进而发展为结石。