三个月宝宝便秘的治疗方法包括养成排便习惯、改善饮食结构、采用益生菌或开塞露辅助排便、进行手术治疗等，具体应根据病因及个人情况来选择合适的方案，且要遵医嘱治疗。
一、养成排便习惯：三个月的宝宝由于肌肉、神经等还处于发育阶段，排便反射较弱，所以需要给宝宝养成定时定期排便的良好习惯。这样有助于宝宝建立规律的排便机制，减少便秘的发生。
二、改善饮食结构：如果长期食用高蛋白质而少糖的食物，容易导致大便干结，从而引起宝宝便秘。这种情况下只需调整饮食结构即可。比如增加富含膳食纤维食物的摄入等。
三、辅助排便措施：
1.若奶量或辅食进食少，会使大便形成速度变慢，造成便秘的假象，且长期进食不足还会影响身体正常发育进而影响排便功能。对此，通常可以适当服用肠道益生菌帮助消化，或者直接使用开塞露来缓解症状。不过这个改善过程相对需要较长时间，由于三个月宝宝属于特殊人群，一定要严格遵医嘱用药，以免出现不良后果。
2.如果宝宝便秘是由先天性巨结肠、先天性甲状腺功能低下等病理因素导致的，那么可能需要根据患儿病情严重程度、年龄、全身状况等多种因素，选择相应的药物或者手术治疗。
总之，三个月宝宝便秘的治疗不能急于求成，一定要做到对因对症治疗，切不可自行用药以免延误病情导致严重后果。