肠功能紊乱的症状多样，常见的有消化系统方面的表现。比如约有30% - 40%的患者会出现腹痛，疼痛部位不固定，一般为隐痛、胀痛等。
消化系统症状表现
腹痛： 多数患者有腹痛情况，疼痛程度不一，时间也不固定，可能持续几分钟到数小时不等，疼痛性质多样，有的是隐隐作痛，有的是胀痛。腹胀： 大概有50%左右的肠功能紊乱患者会感觉腹部胀满，尤其在进食后腹胀感更明显，可能会持续数小时甚至一整天。腹泻： 部分患者会出现腹泻症状，大便次数增多，一般每天3 - 5次，大便性状多为稀糊状，有的可能带有不消化的食物残渣，但没有脓血。便秘： 也有患者表现为便秘，大便干结，排便困难，每周排便次数少于3次，排便时费力。
全身伴随症状
失眠多梦： 约有40%的肠功能紊乱患者会伴有失眠多梦的情况，因为肠道不适影响了睡眠质量，导致夜间入睡困难，睡眠中容易惊醒，多梦等。焦虑抑郁： 长期受肠功能紊乱困扰的患者，大约20% - 30%会出现不同程度的焦虑抑郁情绪，比如心情低落、对事物缺乏兴趣、容易烦躁不安等，而情绪问题又可能反过来加重肠功能紊乱的症状，形成恶性循环。
其他不典型症状
恶心呕吐： 少数患者会有恶心的感觉，偶尔可能出现呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般不伴有剧烈的喷射性呕吐。疲劳乏力： 部分患者会感到全身疲劳乏力，即使经过休息也难以缓解，这是因为肠道功能紊乱影响了营养物质的吸收，身体长期处于营养相对缺乏的状态，从而导致疲劳感。