肠功能紊乱会有多种症状表现。一般来说，约有20%-30%的人会出现不同程度的肠功能紊乱相关症状。
消化系统症状
腹痛： 多为腹部隐痛或胀痛，疼痛部位不固定，可能在肚脐周围等区域，有时会在进食后加重，但也有部分人在空腹时更明显。腹泻或便秘： 腹泻时大便次数增多，可能每天3-5次甚至更多，大便性状较稀，呈糊状或水样；便秘则表现为排便困难，每周排便次数少于3次，大便干结。比如有的患者会连续几天没有便意，排便时十分费力。
全身症状
疲劳乏力： 患者会感到全身没有力气，即使经过充分休息也难以缓解，日常生活和工作受到一定影响，比如原本能轻松完成的家务或工作，现在会感觉力不从心。睡眠障碍： 容易出现入睡困难、睡眠浅、多梦等情况，长期的睡眠问题又会进一步加重肠功能紊乱的症状，形成恶性循环。
精神心理症状
焦虑抑郁： 约有40%-50%的肠功能紊乱患者会伴有不同程度的焦虑或抑郁情绪。患者会经常感到心情烦躁、紧张不安，对事物缺乏兴趣，严重的可能会出现抑郁寡欢、悲观厌世等情绪。注意力不集中： 患者在工作或学习时，难以集中注意力，记忆力也可能有所下降，影响正常的认知功能。