治疗脑梗塞并没有绝对“最好”的药，要根据不同的发病时间窗等情况选择合适药物。一般在发病4.5小时内符合溶栓指征的患者，可考虑使用阿替普酶进行静脉溶栓治疗，这是目前较有效的恢复血流的措施之一。
静脉溶栓药物
阿替普酶：它是一种重组组织型纤溶酶原激活剂，能特异性地激活血栓中的纤溶酶原，转化为纤溶酶，溶解血栓，恢复脑血流。但使用有严格时间限制，需在发病4.5小时内由专业医生评估后应用。
抗血小板聚集药物
阿司匹林：通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议脑梗塞患者在无禁忌证时长期服用，能降低脑梗塞复发风险。不过有胃肠道疾病的患者使用时需注意可能引起胃肠道不适等问题。氯吡格雷：也是抗血小板聚集药物，作用机制与阿司匹林不同，可用于不能耐受阿司匹林或阿司匹林治疗效果不佳的患者，同样要注意出血等不良反应风险。
神经保护类药物
依达拉奉：具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用，可用于改善急性脑梗塞患者的神经功能缺损症状。它能抑制脂质过氧化，从而抑制脑细胞、血管内皮细胞、神经细胞的氧化损伤。一般通过静脉滴注给药。胞磷胆碱钠：可以改善脑代谢，促进大脑功能恢复，对脑梗塞后的神经功能恢复有一定帮助，能增强脑干网状结构上行激活系统的功能，促进苏醒，改善大脑血液循环等。