子宫纵隔是先天性发育异常导致的，在胚胎发育时期，双侧副中肾管融合过程中出现异常，使得子宫腔内形成纵隔，将子宫腔部分或完全分隔。
遗传因素影响
遗传基因的异常可能会干扰子宫的正常发育过程，增加子宫纵隔形成的风险。有家族遗传倾向的人群，其后代出现子宫纵隔的几率相对较高。
胚胎发育阶段异常
在胚胎发育的关键时期，如受到某些不良因素影响，像母体接触有害物质、感染特定病毒等，可能干扰子宫的正常融合进程，进而引发子宫纵隔。
激素水平影响
胚胎发育过程中激素水平的异常波动，可能影响子宫的形态构建。例如，某些激素分泌失衡，会阻碍双侧副中肾管的正常融合，导致子宫纵隔出现。
环境因素作用
母亲在孕期暴露于污染的环境中，如长期处于含有化学污染物的场所，或者遭受辐射等，这些环境因素可能对胚胎的子宫发育产生不良作用，增加子宫纵隔发生的可能性。