子宫纵隔主要是胚胎发育过程中，双侧副中肾管融合受阻所致。
胚胎发育早期因素
在胚胎发育的关键时期，如妊娠前8周左右，双侧副中肾管融合过程出现异常，就可能导致子宫纵隔形成。这一时期的基因调控、环境因素等都可能影响副中肾管的正常融合。
遗传因素影响
部分子宫纵隔的发生与遗传因素有关。如果家族中有相关遗传倾向，个体发生子宫纵隔的概率可能相对较高。遗传物质的某些异常可能干扰胚胎发育过程中子宫的正常形态形成。
环境因素作用
孕期母亲接触某些不良环境因素，如化学毒物、辐射等，可能对胚胎发育产生不利影响，增加子宫纵隔发生的风险。这些环境因素可能干扰胚胎发育的正常进程，致使子宫纵隔出现。
激素水平影响
胚胎发育期间，体内激素水平的异常也可能与子宫纵隔的形成相关。激素对生殖系统的发育起着重要调节作用，激素水平失衡可能影响副中肾管的融合，进而导致子宫纵隔。