巨细胞病毒感染的症状因感染人群不同而有所差异。对于健康成年人，多数感染后无明显症状，少部分人可能出现类似感冒的症状，如发热、乏力、肌肉酸痛等，一般持续1~2周可自行缓解。
婴儿感染巨细胞病毒的症状
先天性感染症状： 部分婴儿在出生时就可能出现黄疸，皮肤和巩膜发黄，这是比较常见的表现之一。还可能有肝脾肿大的情况，通过体检可以发现肝脏和脾脏比正常增大。有些婴儿会出现血小板减少性紫癜，表现为皮肤有出血点。围生期感染症状： 婴儿可能出现肺炎相关症状，如咳嗽、气促等，肺部听诊可能有异常。也可能有发热情况，体温可轻度升高。
免疫功能正常人群感染巨细胞病毒的症状
单核细胞增多症样症状： 会有发热，体温可达38~39℃左右，持续数周。伴有咽痛，咽部充血明显。还会有淋巴结肿大，常见颈部、腋下等部位的淋巴结肿大，一般无压痛。其他系统症状： 部分人会出现肝炎表现，如食欲减退、恶心、呕吐，检查肝功能可能发现转氨酶升高等异常。少数人可能有神经系统症状，如头痛等，但相对较少见。
免疫功能低下人群感染巨细胞病毒的症状
肺部感染症状： 对于艾滋病患者等免疫低下人群，巨细胞病毒容易侵犯肺部，出现严重的肺炎症状，如持续高热、剧烈咳嗽、呼吸困难，胸部影像学检查可发现肺部有浸润影等改变。胃肠道感染症状： 可能出现腹痛、腹泻、便血等症状，影响消化吸收功能，导致体重下降等情况。眼部感染症状： 如巨细胞病毒性视网膜炎，会影响视力，出现视力模糊、眼前黑影等表现，严重时可导致失明。