川崎病的具体病因目前尚未完全明确，但普遍认为与感染因素、免疫因素以及遗传因素等有关。研究发现，多种病原体感染可能与之相关，比如逆转录病毒、链球菌、葡萄球菌等，不过具体的致病机制还在进一步探索中。
感染因素相关情况
病毒感染方面： 有研究表明，一些常见的病毒，像腺病毒、副流感病毒等，可能会触发机体的免疫反应，从而增加患川崎病的风险。例如在某些川崎病患者的体内，可以检测到腺病毒的相关抗体，提示腺病毒感染可能参与了川崎病的发生过程。细菌感染方面： 链球菌等细菌感染也被认为可能与川崎病有关。有临床观察发现，部分川崎病患者在发病前有链球菌感染的迹象，不过具体的关联机制还需要更多研究来明确。
免疫因素相关情况
免疫异常激活： 川崎病患者体内存在明显的免疫异常激活现象。患者的免疫系统会被过度激活，导致大量炎症因子释放，比如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等炎症因子水平会显著升高，这些炎症因子会引起血管的炎症反应，进而导致血管壁受损等一系列病理改变，最终引发川崎病的各种症状，像发热、皮疹、结膜充血等。免疫复合物沉积： 免疫复合物在血管内沉积也是川崎病发病的一个重要环节。当机体的免疫反应产生过多的免疫复合物后，这些复合物会沉积在血管壁上，进一步加重血管的炎症损伤，影响血管的正常功能。
遗传因素相关情况
遗传易感性： 研究发现，川崎病具有一定的遗传易感性。有家族聚集性的现象存在，也就是说如果家族中有亲属患过川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的风险会相对增高。这提示遗传因素在川崎病的发病中起到了一定作用，但具体是哪些基因参与了这种遗传易感性还在深入研究当中。目前已经发现了一些与免疫调节相关的基因可能与川崎病的遗传易感性有关，但具体机制仍需进一步探索来明确这些基因如何影响川崎病的发生发展。