川崎病的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与感染因素、免疫因素等有关。目前研究推测，川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染病原体（如病毒、细菌等）触发免疫系统异常激活，从而导致全身血管炎症反应。
感染因素相关情况
病毒感染方面：有研究发现，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒等。不过具体哪种病毒确切关联还在进一步研究中，但病毒感染可能是触发川崎病免疫反应的一个诱因。细菌感染方面：某些细菌感染也被怀疑与川崎病有联系，像链球菌等细菌感染后，可能会引发机体异常的免疫应答，进而导致川崎病相关的血管炎症表现。
免疫因素相关情况
免疫系统异常激活：在川崎病患儿体内，免疫系统会出现过度激活的情况。正常情况下免疫系统能精准识别和应对外来病原体，但川崎病时，免疫系统错误地攻击自身血管，导致全身中小动脉发炎，尤其是冠状动脉容易受累。免疫细胞异常：一些免疫细胞，如T淋巴细胞等会出现功能紊乱。T淋巴细胞本应起到调节免疫平衡的作用，然而在川崎病患儿体内，T淋巴细胞的调节功能失调，使得免疫反应持续处于过度活跃状态，进一步加重血管炎症。
遗传易感性相关情况
家族遗传倾向：有一定的家族遗传易感性，也就是说如果家族中有亲属患过川崎病，那么后代患川崎病的风险可能会相对高一些。不过目前还没有明确具体的致病基因，但遗传因素在川崎病的发病中起到了一定作用，提示有遗传背景的个体更容易在感染等诱因下发病。