川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究表明可能与多种因素有关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染因素触发机体的异常免疫反应所引起。
感染因素相关
病毒感染： 有研究发现，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、EB病毒等。不过具体的病毒如何引发川崎病的详细机制还在进一步探索中，但病毒感染被认为是可能的诱发因素之一。细菌感染： 某些细菌感染也被推测可能与川崎病相关，像链球菌感染等，但目前还没有确凿的证据表明是某一种特定细菌直接导致川崎病，但细菌感染引发的免疫反应失调可能参与了川崎病的发病过程。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患儿体内的免疫系统会出现异常激活的情况。例如，机体的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会过度活化，产生大量的细胞因子和炎症介质，从而导致全身血管的炎症反应，这是川崎病病理变化的重要基础。免疫复合物形成： 异常的免疫反应还可能导致免疫复合物在血管壁沉积，进一步加重血管的炎症损伤，引起血管炎等一系列病变，影响多个器官的血管，包括冠状动脉等重要血管。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究发现川崎病具有一定的遗传易感性。有家族聚集性的现象，也就是说如果家族中有亲属患过川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的风险可能会相对增高。不过具体是哪些基因参与了这种遗传易感性还在深入研究中，但遗传因素在川崎病的发病中起到了一定的作用，提示个体的基因背景可能影响其是否容易患上川崎病。