治疗头皮毛囊炎可以通过一般治疗、药物治疗、物理治疗等方法，一般来说，规范治疗下多数患者可在数周内改善。
一般治疗：保持头皮清洁
要注意定期洗头，建议使用温和的洗发水，保持头皮清洁干燥。比如，每天用温水洗头1 - 2次，避免使用刺激性强的洗发水。同时，要避免搔抓头皮，防止炎症加重或引发感染扩散。还要注意保持生活作息规律，保证充足睡眠，避免熬夜，饮食上要少吃辛辣、油腻、甜食等易诱发毛囊炎的食物，多吃蔬菜水果，保持大便通畅。
药物治疗：外用与口服药物
外用药物：
抗生素类药膏： 如莫匹罗星软膏，适用于细菌感染引起的头皮毛囊炎，它能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。还有夫西地酸乳膏，对引起毛囊炎的常见细菌有较好的抑制效果。抗真菌类药膏： 如果是真菌感染导致的头皮毛囊炎，可使用酮康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢。还有特比萘芬乳膏，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻止真菌细胞膜的合成。
口服药物：
抗生素： 对于病情较重、外用药物效果不佳或反复发作的患者，可口服抗生素。比如头孢呋辛酯，它是第二代头孢菌素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。还有多西环素，属于四环素类抗生素，能抑制细菌蛋白质合成。抗真菌药： 如果是真菌感染引起且口服的情况，可选用伊曲康唑，它能高度选择性干扰真菌细胞色素P450的活性，抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成。
物理治疗：辅助治疗方法
红蓝光治疗： 红蓝光具有消炎杀菌的作用。蓝光可以杀灭痤疮丙酸杆菌，红光可以刺激胶原蛋白产生，促进皮肤修复。一般每周进行2 - 3次红蓝光治疗，一个疗程通常需要10 - 15次左右，能有效改善头皮毛囊炎的症状。紫外线照射： 紫外线有杀菌抗炎的功效，通过适当的紫外线照射可以抑制毛囊炎部位的细菌生长，促进炎症消退。但要注意照射的剂量和时间，避免过度照射损伤皮肤。