头皮毛囊炎的治疗方法需根据病情轻重等情况来定。一般来说，轻度头皮毛囊炎可以通过一些日常护理和简单药物来改善。
局部清洁护理
保持头皮清洁： 每天用温和的洗发水清洗头皮，建议选择含有酮康唑成分的洗发水，它能抑制马拉色菌等真菌，对改善头皮毛囊炎有一定帮助，一般每周使用2 - 3次含有酮康唑的洗发水即可。避免过度搔抓： 搔抓会导致头皮破损，容易使炎症加重，还可能引起感染扩散，所以要尽量克制自己不去抓挠头皮。
外用药物治疗
抗生素类外用药： 如果是细菌感染引起的头皮毛囊炎，可以使用莫匹罗星软膏，它对常见的金黄色葡萄球菌等有抗菌作用。这类药物直接涂抹在头皮患处，能抑制细菌生长繁殖，帮助消除炎症。抗真菌类外用药： 要是由真菌感染导致的头皮毛囊炎，像特比萘芬乳膏就比较适用，它可以抑制真菌的生长，缓解头皮瘙痒、红肿等症状。使用时要均匀涂抹在头皮患病部位。
系统药物治疗
细菌感染严重时： 当头皮毛囊炎比较严重，局部用药效果不佳，或者伴有发热等全身症状时，可能需要口服抗生素，比如头孢类抗生素。但使用抗生素需要谨慎，必须在医生的指导下使用，因为滥用抗生素可能会导致耐药性产生。真菌感染严重时： 如果是顽固的真菌感染引起的头皮毛囊炎，口服抗真菌药物，像伊曲康唑，不过这类药物可能会对肝脏有一定影响，所以用药期间需要定期监测肝功能。
生活方式调整
饮食方面： 要少吃辛辣、油腻、甜食等刺激性食物，这些食物可能会加重头皮油脂分泌，从而加重毛囊炎。例如，尽量避免吃油炸食品、辣椒、奶油蛋糕等。作息规律： 保证充足的睡眠，一般成年人每天需要7 - 8小时的睡眠时间，良好的作息有助于调节身体的内分泌，对头皮毛囊炎的恢复有好处。