治疗结膜炎的眼药水种类较多，具体使用需根据结膜炎类型来选。一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，比如氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，起到杀菌作用；妥布霉素滴眼液也是常用的，对多种革兰氏阴性及阳性细菌有抗菌活性。
细菌性结膜炎常用眼药水
氧氟沙星滴眼液： 主要针对由敏感菌引起的细菌性结膜炎，能有效抑制细菌生长。使用时要注意，对喹诺酮类药物过敏者禁用。妥布霉素滴眼液： 适用于敏感细菌所致的外眼及附属器的局部感染，像结膜炎就可以用，不过使用前需摇匀。
病毒性结膜炎常用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 它是一种合成的嘌呤核苷类似物，能抑制病毒DNA的合成，从而发挥抗疱疹病毒的作用，可用于治疗病毒性结膜炎。儿童使用时需谨慎，要在医生指导下进行。更昔洛韦滴眼液： 对单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等有抑制作用，可用于病毒性结膜炎的治疗，但孕妇及哺乳期妇女用药需权衡利弊。
过敏性结膜炎常用眼药水
色甘酸钠滴眼液： 可以稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制过敏介质如组胺等的释放，预防过敏性结膜炎的发作。它适用于预防春季过敏性结膜炎等，使用时可能会有刺痛感，一般可耐受。富马酸依美斯汀滴眼液： 为相对选择性的组胺H1受体拮抗剂，可缓解过敏性结膜炎的症状，起效较快，使用时要注意避光保存。