治疗结膜炎的眼药水需根据病因选择，细菌性结膜炎可选用左氧氟沙星滴眼液等，一般用药后数天内症状可改善；病毒性结膜炎常用阿昔洛韦滴眼液等，通常需要1-2周左右恢复；过敏性结膜炎可使用富马酸依美斯汀滴眼液等，能较快缓解过敏引发的不适。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，对多种引起细菌性结膜炎的常见病菌有效。一般用药后1-3天能看到症状改善，比如眼部分泌物减少、红肿减轻等。妥布霉素滴眼液： 也是常用的抗细菌眼药水，对革兰阴性菌和阳性菌都有一定抑制作用，能有效控制细菌性结膜炎的炎症，使用后通常2-5天可缓解眼部不适。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 是抗病毒药物，能选择性抑制单纯疱疹病毒DNA聚合酶，阻止病毒DNA合成，进而发挥抗病毒功效，用于病毒性结膜炎时，一般用药1周左右能看到病情好转，如眼部疼痛、畏光等症状减轻。更昔洛韦眼用凝胶： 同样针对病毒，可抑制病毒的复制过程，对病毒性结膜炎有治疗作用，使用后大概1-2周可使症状明显改善。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 属于抗组胺药，能选择性地结合组胺H1受体，阻断组胺引起的过敏反应，使用后通常数小时内就能缓解过敏性结膜炎引起的眼痒、红肿等症状，起效比较快。色甘酸钠滴眼液： 可以稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制过敏介质的释放，对过敏性结膜炎有预防和治疗作用，一般连续使用几天就能看到眼部过敏症状减轻。