扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中A组乙型溶血性链球菌是较为常见的致病菌，约10%-30%的扁桃体炎是由这类细菌导致的。
病原体感染因素
细菌感染： 最常见的细菌是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可引发扁桃体发炎。这些细菌通常在人体抵抗力下降时侵入扁桃体，大量繁殖，从而引发炎症反应。比如在受凉、过度劳累后，人体免疫力降低，细菌就容易趁机而入。病毒感染： 病毒也是导致扁桃体发炎的重要原因，其中以腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒等较为多见。例如腺病毒感染引起的扁桃体炎，可导致扁桃体红肿、疼痛，同时还可能伴有发热、咳嗽等症状，一般病程相对细菌感染的扁桃体炎可能短一些，但也会给患者带来不适。
免疫力相关因素
自身免疫力低下： 当人体自身免疫力较弱时，比如长期营养不良、过度劳累、缺乏运动等情况，就更容易受到病原体的侵袭而引发扁桃体发炎。例如一些长期从事高强度体力劳动且饮食不均衡的人，扁桃体发炎的几率相对较高。婴幼儿免疫力不完善： 婴幼儿的免疫系统尚未完全发育成熟，相对成人更容易发生扁桃体发炎。这是因为他们的身体对病原体的抵御能力较弱，在接触到各种致病微生物时，更容易引发炎症反应。比如6个月 - 3岁的婴幼儿，由于免疫系统还在不断完善过程中，扁桃体发炎的情况较为常见。
环境与生活习惯因素
空气污染影响： 长期处于污染较为严重的环境中，如空气中含有大量的粉尘、有害气体等，会刺激扁桃体，降低扁桃体的防御能力，从而增加扁桃体发炎的风险。例如在工业污染严重的地区生活的人群，扁桃体发炎的发生率可能会比环境良好地区的人群高一些。不良生活习惯： 经常吸烟、酗酒的人，烟草中的尼古丁、酒精等物质会对扁桃体造成刺激，损伤扁桃体的黏膜组织，使扁桃体的抵抗力下降，容易引发发炎。另外，过度用嗓也可能导致扁桃体负担加重，引发炎症，比如一些歌手、教师等长期用嗓过度的人群，扁桃体发炎的概率相对较高。