肠功能紊乱可以通过药物辅助改善，比如益生菌类药物可能有帮助，像双歧杆菌三联活菌胶囊，能调节肠道菌群，一般按常规剂量使用，但具体起效时间因人而异，有的人可能几天内感觉肠道不适有所缓解。
调节肠道菌群的药物
益生菌类： 比如双歧杆菌四联活菌片，它能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，帮助恢复肠道正常菌群平衡，通常没有严重不良反应，但对其中成分过敏者禁用。还有枯草杆菌二联活菌颗粒，适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等肠功能紊乱情况，婴幼儿也可使用，但要注意按照合适的剂量服用。
缓解胃肠痉挛的药物
抗胆碱能药物： 如颠茄片，能解除胃肠痉挛，缓解腹痛症状，但青光眼患者禁用，因为它会升高眼压。山莨菪碱片也可用于缓解胃肠痉挛导致的疼痛，前列腺肥大患者慎用，这类药物可能会引起口干、视力模糊等不良反应。
改善胃肠动力的药物
促胃肠动力药： 多潘立酮片可促进胃肠蠕动，加快胃排空，改善腹胀、早饱等症状，孕妇慎用，乳腺癌患者禁用，部分人服用后可能出现头痛、嗜睡等不良反应。莫沙必利片也是促胃肠动力药，能促进胃肠道蠕动，改善消化不良等肠功能紊乱表现，老年人用药时要密切关注身体反应，与其他药物合用时需咨询医生。